空港に降った雨は、地表から雨水用の排水管に入り、海に流れていきます。当初は、島の内から外に向かって傾きがつくように排水管を作り、自然に雨水が海まで流れるようにしていました。しかし、海に近い護岸付近は、島の中よりも沈下が小さいため、次第に排水管の傾きが緩くなり、雨水が海に流れにくくなってきました。

このため、雨水用の排水管の海への出口付近にポンプを設置し、雨水をスムーズに海に流す方式に順次切り替えてきました。ポンプは、10年に一度の大雨（1時間で55mm）が降っても排水できる能力を備えています。

平成13年頃から順次、排水ポンプの設置を進めてきており、平成17年6月に全て完了しました。